Magsagawa ng pagsusubaybay. Ang madalas na pagsusubaybay lalo na sa maagang yugto ng pananim ay makatutu-long para makilala ang mga dumadaming peste na posibleng magdulot ng malaking sira sa palay. Gaya ng sa mga sakit, ang pag-iwas ay maaaring gawin bago pa ito lumala. Para naman sa mga pesteng kulisap, may mga iminumungkahing pamamahala para sa mga ito.

Pesteng kulisap. Huwag mag-isprey ng pestisidyo para sa mga pesteng kuma-kain sa mga dahon sa unang 30 ALT o 40 AST. Ang pananim ay may kakayahang makabawi sa maagang pagkasira dahil ito ay tutubuan pa ng mga bagong dahon at suwi. Ang pag-isprey ay pumipigil sa kilos at pagdami ng mga kapakipakinabang na organismo sa bukid.

Sakit. Ang tamang pagsusuri at kalinisan sa bukid ay nakatutulong sa hindi pagla-ganap ng mga sakit. Para malaman kung ano ang sakit ng palay, ihambing ang itsura ng may sakit na tanim sa ibang tanim na katulad na barayti at kasing gulang nito. Isaalang-alang ang distribus-yon ng sakit, pagkalat, at kondisyon ng bukid. Makatutulong din ang malapitang pagsusuri sa apektadong tanim at tingnan kung may iba pang organismo doon.

Para mabawasan ang paglaganap ng sakit, iwasang gumamit ng sobra o higit pa sa rekomendang nitroheno. Ang pagpapataba ng N sa pamamagitan ng LCC ay nakapagpapababa ng pag-atake ng bacterial blight, sheath blight at blast.

Daga. Ang pagkakaroon ng daga sa bukid ay malalaman sa pamamagitan ng aktibong lungga ng daga, bakas ng paa, putol na suwi, at mga daanan. Ang trap barrier system (TBS) ay isang paraan para malaman ang populasyon ng daga. Kung ito ay nagawa isang buwan bago ang regular na taniman, ito ay magsisilbing gabay para sa pagsisimula sa pagsugpo ng mga daga.

Ang pagsugpo sa tamang panahon ng buong komunidad gamit ang pinagsama-samang pamamaraan tulad ng flame-thrower, panghuhuli, pagpapain, pagbi-bitag, at paglilinis ay dapat gawin upang epektibong masugpo ang mga daga.

Kuhol. Ang mga kuhol ay nanginginain sa mga bagong tanim na punlang palay. Upang mapamahalaan ang pinsalang dulot nito, panatilihing mamasa-masa lang ang lupa sa maagang yugto ng pagdadahon (sa loob ng 2 linggo pagkalipat-tanim o 3 linggo pagkasabog-tanim).

Gumawa ng mga kanaleta at maglagay ng pang-akit sa kuhol tulad ng lumang dyaryo at malalaking dahon (gaya ng saging at gabi) upang mas madali ang pagpulot sa mga ito, o maglagay ng mga panala (wire screen) sa pasukan at labasan ng tubig upang hindi makapasok sa ibang pinitak ang mga ito.

Ibon. Maraming ibon sa bukid lalo na sa panahon ng pagsasabog ng punla at yugto ng pagpapahinog. Kinakain nito ang mga pinatubong binhi, sinisira ang mga uhay, at kinakain ang mga butil. Karaniwang maki-kita sa bukang-liwayway o dapit-hapon ang mga ibon. Ang pananakot sa mga ito ay isang solusyon para sila ay maitaboy.

Damo. Upang bumaba ang populasyon ng mga damo, maraming pamamaraaan ang dapat gawin tulad ng mga sumusu-nod: maayos na paghahanda ng lupa, pagpapatag ng lupa, pamamahala sa patubig, paggamit ng malusog at malinis na binhi, binhing mabilis bumulas/lumaki, at makatarungan at akmang paggamit ng pamatay-damo. Kritikal ang pagsugpo sa mga damo sa unang 30-40 araw pagkalipat-tanim o sabog-tanim.